2004年12月20日，在南开大学文科基地建设工作会议上，学校通报了《教育部关于公布普通高等学校人文社会科学重点研究基地建设计划第五批入选机构名单的通知》，世界近现代史研究中心成功入选。学校领导对中心的入选非常重视，校长侯自新教授做了“抓紧做好规划、建设工作”的重要批示，副校长逄锦聚的批示是“新基地的获准建立，实属不易，请各基地按照要求努力建设，争取取得好的成绩”。中心主任王晓德教授表示，将严格按照教育部《普通高等学校人文社会科学重点研究基地建设计划》和《普通高等学校人文社科重点研究基地管理办法（试行）》提出的建设标准加强建设，创造性地开展工作，认真抓好基地的体制改革、科学研究、人才培养、学术交流和资料信息、咨询服务等各项工作，把世界近现代史研究中心建设成为我国世界近现代史研究的主阵地。
随着南开大学世界近现代史研究中心正式入选教育部重点研究基地，由李剑鸣教授主持的《世界近现代史上的政治民主化问题》和杨栋梁教授主持的《日本现代化历程研究》这两项教育部人文社科研究重大项目正式启动，每项将获得20万元的经费资助。研究世界近现代史上的政治民主化问题，对于建构宏观世界史框架具有重要的理论意义，对于认识二战以来的各民主政体、了解世界性的民主化了历程具有很强的现实意义。重大项目《世界近现代史上的政治民主化问题》将由李剑鸣、韩铁、王振锁、哈全安等教授担纲，通过横向研究和纵向研究的紧密结合、宏观把握和专题探讨的相得益彰、历史分析和理论阐释的同时并举、对精英思想和大众心态的同等关注等研究方法来论述世界近现代史上的政治民主化问题，求得学术上的突破。日本是近代史上唯一走上资本主义道路的东方国家，它曾经被中国视为实现近代转变的“楷模”，同时它又可以说是中国实现近代转变的最大障碍之一。审视近代以来日本的发展历程，不仅有助于从理论上进一步阐明日本走向现代化的经验教训和特点，也能为我国制定现实对日政策提供重要参考。杨栋梁教授主持的重大课题《日本现代化历程研究》将由杨栋梁、米庆余、王振锁、李卓、赵德宇等教授分别负责日本近现代经济史、外交史、政治史、社会史、文化史的研究，从多角度探究日本的现代化历程。