1、南开大学日本研究中心
中心主任，宋志勇教授，副主任张玉来教授。本中心是2012年教育部首批批准设立的区域和国别研究培育基地和智库单位。中心以咨政服务为首要宗旨，以有关日本以及中日关系的政策研究和咨询以及人才培养为主要任务。
中心成员采取专兼职相结合的体制，现拥有专职研究人员13名，其中教授6名（均为博士生导师），副教授7名，兼职研究人员26名，聘请了外交部原副部长武大伟、中国社科院原副院长武寅和中国社科院学部委员张蕴岭为顾问，刘江永、韩东育教授等为特聘专家，指导基地的发展规划及学术研究。
依托世界史、世界经济和国际政治学科，设立了日本政治与外交研究部、日本经济与产业研究部、日本历史与社会文化研究部、《南开日本研究》编辑部、信息资料与文献中心等部门。研究设施完备，拥有两千平米的办公教学大楼、4万册藏书，为教学、科研和学术交流提供了有力支撑。
中心围绕国家需求和学科发展，开展对日本的综合研究。招收日本历史、经济和政治及外交方向的硕、博士研究生，开展高层次日本研究人才的培养。通过合作研究、召开国内外学术会议、举办讲座等形式，广泛开展国内外学术交流；设有学术委员会，审定基地发展规划、研究计划、人才培养等重要事宜；出版基地学术刊物《南开日本研究》，作为基地与国内外学界交流的平台。中心自成立以来，在政策咨询、学术研究、人才培养以及服务社会等方面取得了显著成绩，受到中央有关部门和学术界好评。中心全体人员正在发奋努力，确保把日本研究中心建设成国内一流、国际知名的日本研究智库。
2、南开大学美国研究中心
中心主任，付成双教授。南开大学是国内美国问题研究的重镇，早在1964年，高教部就授权在南开大学成立了美国史研究室，由杨生茂教授负责。改革开放以来，南开大学美国史研究蓬勃发展，1978年首批获得硕士授予权，1984年被国务院批准为第二批博士点授予单位。2000年，南开大学整合研究力量，建立美国历史与文化研究中心，隶属历史学院。依托美国历史与文化研究研究的传统优势，2017年南开大学美国研究中心与拉美中心、希腊中心等一道获批成为教育部国别与区域研究（备案）基地。
自获准成立以来，中心在实体性机制建设、科研生产力和社会影响力等方面取得了很大成效，形成了自己的研究特色，“建设服务国家需要和高水平美国研究智库”的目标已成雏形。中心已经建成一支阵容比较强大、结构相对合理的科研团队，目前专职人员13人，兼职人员34人，均是国内美国史研究领域的专家学者，且都在国外著名大学从事过科学研究。赵学功教授、丁见民教授先后担任中心主任，目前中心主任为付成双教授。
本中心以政治史、外交史、少数族裔与社会史为依托，拓展环境史、医疗卫生史等在当今社会具有重要学术价值和现实意义的跨学科研究领域，并融合了美国文学、国际关系等方向，形成了自己“强化传统研究、进军新兴领域”研究特色。美国研究中心的全体成员瞄准国家战略需求，独立开展研究，先后承担了多项教育部课题，发表了一系列高水平研究成果。成立三年以来，中心成员获得国家社科文库成果一项，社科基金重大研究专项一项，其他各类项目十余项，在《历史研究》、《世界历史》、《新华文摘》等权威顶级期刊发表专题论文13篇，并完成了多项区域国别基地的招标课题。本中心已经初步建立了一支老中青结合的、知识结构比较合理、研究基础雄厚的学术集群。
3、南开大学拉丁美洲研究中心
中心主任，董国辉教授。南开大学拉丁美洲研究中心（备案基地）的前身是1964年成立的拉美史研究室和1993年根据原国家教委社科厅 [1991] 10号文件成立的南开大学拉美研究中心。2000年拉美研究中心并入南开大学历史学院，2017年拉美研究中心入选教育部国别和区域研究备案基地。因此，南开大学拉美研究中心是国内高校起步最早、历史积淀最深厚的拉美研究机构。洪国起教授、王晓德教授、王萍教授先后担任拉美研究中心主任，现任主任是董国辉教授。
拉美研究中心现有专职研究人员7名，他们是韩琦教授、王萍教授、董国辉教授、谭融教授、潘芳副教授、王翠文副教授和谷佳维博士；另有4名特聘研究员和22名兼职教授。
拉美研究中心利用南开大学综合性研究类大学的优势，依托世界史一流学科，以拉美史研究为基础，开展对拉美区域和国别问题的学术研究和咨政服务。2017年至今，拉美研究中心专职研究人员承担和完成国家、省部级课题以及国家开发银行和中国水电建设集团国际工程有限公司等企业的研究课题19项，出版专著2部，译著2部，发表学术论文40余篇，获省部级优秀科研成果奖1项，天津市优秀决策咨询研究成果三等奖1项，获外交部来函表扬若干项。中心成员先后到访拉美10余个国家，与国外同行展开了广泛的学术交流。
拉美研究中心建立了完整的本硕博课程体系，被誉为国内培养拉美研究专门人才的“孵化器”。截至2020年12月，本中心专职教师共培养拉美史专业硕士82名，博士44名。
未来几年，拉美中心仍将以历史与现状，基础研究与现实问题研究相结合为原则，在拉美文明、拉美社会转型、拉美国际关系等方面进行更加深入的研究，在此基础上提高咨政服务意识和水平，争取写出更多原创性咨政报告，为国家建设建言献策。
4、南开大学希腊研究中心
中心主任，陈志强教授。南开大学希腊研究中心是以成立于1993年的“古典（希腊罗马）文明研究中心”和成立于2003年的“东欧拜占廷研究中心”为基础建立的学术机构。2017年，南开大学希腊研究中心位列教育部国别和区域研究中心（备案）名单；2019年，中心入选中国CTTI来源智库。
南开大学希腊研究中心设有咨询委员会、顾问委员会、学术委员会，建制完善。中心现有专职研究人员11名，他们是陈志强教授、杨巨平教授、王以欣教授、叶民副教授、郑玮副教授、武鹏副教授、徐诗薇副教授、王薇副教授、庞国庆博士、邵大路博士、李雪博士，研究力量集中，研究特色鲜明，形成了稳定的师资队伍。陈志强教授入选国家教委“跨世纪优秀人才培养计划”，获得希腊总统颁发的“希腊最高文学艺术奖金质勋章”。中心还聘有国内外兼职研究员36人。
南开大学希腊研究中心是我国高校中最先建立的相关学术机构，长期从事有关希腊历史、文化方面的人才培养和科学研究工作。中心研究领域涉及希腊史、拜占廷史、希腊古典文明、拜占廷文化艺术、希腊现代化研究、希腊外交研究、当代希腊政治热点研究、希腊经济发展研究等。中心依托南开大学世界史一流学科，在上古中古史方面均有硕博士点，课程体系完善；2017年至今，共计毕业硕士20人、博士17人，共有14名学生前往欧美名校交换学习或者攻读博士学位。
南开大学希腊研究中心以研究和解决重大理论与现实问题为突破口，致力于建设成为对希腊政策咨询的基地、国家级希腊问题研究基地、学术交流基地、人才培养基地。2017年至今，中心成员出版专著5部，译著2部，在《历史研究》、《世界历史》等刊物发表论文43篇，承担国家社科基金重大项目2项，国家社科基金冷门“绝学”和国别史等研究专项1项，其它国家和省部级项目14项；中心成员参加国际学术会议5人次，邀请国际学者讲座23人次，与国内外同行展开广泛交流。