2025年10月初，中国社会科学院中国社会科学评价研究院公布了最新中国智库综合评价2025年（AMI）智库入库单位名单，南开大学日本研究中心入选。中国智库综合评价研究项目（AMI）是由中国社会科学评价研究院于2016年启动，具有权威性和影响力的全国性智库评价活动。
南开大学日本研究中心是教育部2012年批准的第一批“区域和国别研究基地”（挂靠日本研究院）。长期以来，中心围绕国家需求和学科发展，扎实开展日本政治、经济、外交、社会、历史等领域的研究，接受国家有关部门的委托研究及政策咨询，积极咨政建言，向国家贡献南开日本研究的成果和智慧。中心还主动将学术研究成果服务社会，通过各种形式，回应社会对日本问题及中日关系的关切。在高层次日本研究人才培养及国内外学术交流方面，中心也是全力以赴，多有成就。中心自成立以来，在咨政建言、学术研究、人才培养以及服务社会等方面取得了显著成绩，发挥了学术智库的作用，受到中央有关部门和学界及社会的好评。